Mary Lennox, une petite fille anglaise, vit aux Indes avec ses parents qui ne s’occupent jamais d’elle. Elle se forge un caractère revêche et solitaire avec une pointe d’arrogance. A la mort de ces derniers, emportés par une épidémie de choléra, la fillette doit renter en Angleterre, chez l’unique parent qui veut bien la recueillir. C’est un dépaysement total! Le manoir de Misselthwaite glacial et isolé la terrifie. Son oncle, Lord Archibald Craven, est toujours absent. La gouvernante, Mrs Medlock distante et autoritaire la surveille.

Heureusement, Mary trouve du réconfort auprès de Dickon, un jeune paysan, joueur de pipeau qui semble parler aux animaux. Une nuit elle découvre l’existence de son cousin Colin, un garçon malade persuadé qu’il va mourir très jeune. 

Mais Mary n’est pas au bout de ses surprises :   

En explorant la propriété elle trouve par hasard, avec l’aide d’un rouge-gorge, la clé oubliée d’un jardin délaissé de tous. Pourquoi est-il abandonné? Que cache ce jardin? Non seulement Mary le découvre mais elle découvre aussi sa propre nature profonde.